Hai dãy núi song song chạy qua El Salvador ở phía tây với một cao nguyên trung tâm giữa chúng và một vùng đồng bằng ven biển hẹp ôm lấy Thái Bình Dương. Những đặc điểm tự nhiên này phân chia đất nước thành hai vùng địa lý. Các dãy núi và cao nguyên trung tâm, chiếm 85% diện tích đất, bao gồm các cao nguyên nội địa. Các vùng đồng bằng ven biển còn lại được gọi là vùng đất thấp Thái Bình Dương.

Dãy núi phía bắc, Sierra Madre, tạo thành một chuỗi chãy dọc theo biên giới với Honduras. Độ cao trong khu vực này nằm trong khoảng từ 1.600 đến 2.700 mét. Khu vực này đã từng có rừng, nhưng khai thác quá mức dẫn đến xói lở sâu rộng và nó đã trở thành khu vực cằn cỗi. Kết quả là, nó là khu dân cư thưa thớt nhất của đất nước, với ít canh tác hoặc phát triển khác.

Dãy núi phía nam là một chuỗi liên tục gồm hơn hai mươi núi lửa, được chia thành năm nhóm. Nhóm cực tây, gần biên giới Guatemala, có Izalco và Santa Ana ở độ cao 2.365 mét, là ngọn núi lửa cao nhất ở El Salvador. Giữa các bồi tích hình nón là các lưu vực phù sa và các ngọn đồi bị xói lở từ trầm tích tro. Đất núi lửa rất màu mỡ và phần lớn cà phê của El Salvador được trồng trên những sườn núi này.

Cao nguyên trung tâm chỉ chiếm 25% diện tích đất nhưng có mật độ dân số cao nhất và có các thành phố lớn nhất của đất nước. Vùng đất phẳng này rộng khoảng 50 km và có độ cao trung bình 600 mét. Địa hình ở đây gợn sóng, thỉnh thoảng có các vách đá, vùng dung nham và mạch nước phun.

Một đồng bằng hẹp kéo dài từ dãy núi lửa ven biển đến Thái Bình Dương. Khu vực này có chiều rộng từ 1 đến 32 km với phần rộng nhất ở phía đông, tiếp giáp với vịnh Fonseca. Tuy nhiên, gần La Libertad, khối của các ngọn núi đẩy vùng đất thấp ra; các sườn núi lửa liền kề rơi thẳng xuống đại dương. Các bề mặt ở vùng đất thấp Thái Bình Dương thường bằng phẳng hoặc gợn nhẹ, là kết quả từ các trầm tích phù sa của các sườn núi gần đó.

El Salvador có hơn 300 con sông, trong đó quan trọng nhất là sông Lempa. Có nguồn ở Guatemala, sông Lempa chảy ngang qua dãy núi phía bắc, chảy dọc theo phần lớn của cao nguyên trung tâm và cuối cùng chảy qua dãy núi lửa phía nam để đổ vào Thái Bình Dương. Đây là con sông có khả năng điều hướng duy nhất của El Salvador và các nhánh của nó chảy ra một nửa đất nước. Các con sông khác thường ngắn và thoát ra vùng đất thấp Thái Bình Dương hoặc chảy từ cao nguyên trung tâm qua những khoảng trống ở dãy núi phía Nam đến Thái Bình Dương.

Nhiều hồ có nguồn gốc núi lửa được tìm thấy ở vùng cao nguyên nội địa; nhiều trong số các hồ này được bao quanh bởi các ngọn núi và có các bờ cao, dốc. Hồ lớn nhất, hồ Ilopango, nằm ở phía đông thủ đô. Các hồ lớn khác bao gồm Lago de Coatepeque ở phía tây và hồ Güija trên biên giới Guatemala. Đập Cerron Grande trên sông Lempa đã tạo ra một hồ chứa lớn, Embalse Cerron Grande ở phía bắc El Salvador.

Izalco đã phun trào ít nhất 51 lần kể từ năm 1770. Nó có biệt danh là "Ngọn hải đăng Thái Bình Dương" vì nó là ngọn núi lửa hoạt động mạnh nhất ở Trung Mỹ.